No ano de 1975, a UCPel, pelo bispo de Pelotas e reitor da Universidade na época, Dom Antônio Zattera, adquiriu o controle acionário da Instituição, dando caráter filantrópico. O nome Hospital Universitário São Francisco de Paula veio em 1996, com o objetivo de fortalecer a identidade pública do estabelecimento de saúde.

Em 2004, recebeu os títulos de Hospital Amigo da Criança (instituição referência na assistência materno-infantil) e Hospital Sentinela, outorgado pela Anvisa. Foi credenciado pelos Ministérios da Saúde e Educação como um dos 150 hospitais de ensino do Brasil. As unidades de Tratamento Intensivo Geral, Pediátrica e Semi-Intensiva Neonatal receberam o credenciamento nível II.

Em 2005, o ambulatório geral instalou-se no Campus da Saúde, avenida Fernando Osório nº 1586, aumentando sua capacidade em atendimentos. Este ano, em 2006, ocorreu a inauguração do Centro Cirúrgico com amplas salas e modernos equipamentos para serviços dialíticos e para tomografia computadorizada.

Recentemente foi apontado, em pesquisa realizada pelo Governo do estado do Rio Grande do Sul, junto aos usuários do Sistema Único de Saúde, como o 1º Hospital na região da 3ª Coordenadoria de Saúde do Estado em satisfação no atendimento.